Равновесие микробиоты легко нарушается под воздействием различных факторов, таких как: неправильное питание, стресс, использование антибиотиков, инфекции, загрязнение окружающей среды, воздействие химических веществ и др. Это повышает риск воспалительных заболеваний кишечника (например, болезни Крона или язвенного колита), синдрома раздраженного кишечника, ожирения, диабета, депрессии. Кроме того, нарушение микробиоты ослабляет иммунную систему,
делая организм более уязвимым к инфекциям.